第三部分：危机四伏菲律宾男孩
罗斯福还下令对史密斯将军进行军法审判，“以便使我对情况有正确的评估”。这些姿态，加上最后一名未被捕叛军领导人米格尔·马尔瓦的投降缓解了对白宫的压力。但战争部压力不减，疲惫、沮丧的卢特乘船赴古巴进行工作休假。
要求卢特辞职的呼声接踵传至古巴。4月25日，史密斯将军承认下令杀害了菲律宾男孩，甚至连忠实的共和党人也对此表示憎恶。费城通讯社评论道："美国军官下达这种非人、野蛮命令简直令人无法置信"。舆论谴责卢特掩盖真相，或至少不愿法办美军暴行。新奥尔良的《泰晤士-民主党党员》写道，"假如我们以这类方式去'仁慈同化'菲律宾人，那我们就应坦率声明这么做了，应揭去'为了菲律宾人民的幸福向他们开战'这张伪善的遮羞布"。 罗斯福对受到围攻的战争部长没有出手相救。卢特心里明白，总统了解史密斯将军杀人做法真相至少已有4个月。两人一直心照不宣：应让史密斯等将军尽快结束菲律宾战争，不要问他们太多问题。 同所有的保守派人士一样，卢特不喜欢被别人冠以“反动派”之名。他致力于将政策建立在“善良和真理本质”基础上，经得起历史考验。譬如，除了在精明的日本人中间，民主并未立足亚洲。绝大多数菲律宾人才“刚刚走出原始状态”，人们不能相信叛乱者。米格尔·马尔瓦在投降文件上声明：他的人民需要的是“保护国统治下的独立”。美国对“新逮住的半魔、半童，行动迟缓的人民负有道义上的职责”。
先教他们战争的严厉法则，然后让他们适应文官政府的宽大统治。 卢特靠威廉·霍华德·塔夫特发回的电报制订菲律宾政策。塔夫特1900年首次被派到菲律宾，当时还是一名反帝人士。魁伟、有耐心和能力、浑身透着友善姿态，塔夫特将菲律宾人视为"我们的棕色小兄弟"而获得菲人的信任。战地美军甚至传唱着这样一首歌谣："他（菲律宾人）可能是大个比尔·塔夫特的兄弟，但不是我的兄弟。" 作为外交官和行政长官，塔夫特在菲律宾大获成功，因而他自己不知不觉间滑向帝国主义分子一边。从其发回的电报中可以看出，他是那么鄙视在自己统治下的当地人。 塔夫特写道，菲律宾人是“我有幸遇到过的最大骗子”。少数受过教育的菲律宾人“如撒旦一样野心勃勃和厚颜无耻”，剩下的650万农民和丛林部落民与"最无知的黑鬼"一样低劣，"根本无法自己管理自己"。"他们需要驯化50或100年，才会弄清楚盎格鲁-撒克逊式自由为何物"。 虽然这种情绪司空见惯，但来自一位普遍视为是总统级能力人物之口还是有说服力的。卢特先将电报按着不发，先前塔夫特本人也曾压过加德纳报告。卢特沉默寡言、严厉、忠诚，对罗斯福不出手相救并未表示出任何懊恼。
在哈瓦那肩负的历史重任给他带来了些许安慰。此时，他正在谈判古巴独立的最后细节。
奇怪的是总统依旧情绪乐观，显然他比卢特有更多理由悲观沮丧。自他当上总统以来，这是头一次在国会面临真正的挑战。在众议院，共和党保守派藐视作为送给古巴独立的礼物－－政府给予古巴关税互惠的政策。民主党参议员把卢特拒不辞职一事视为抵制通过菲律宾实行文官统治议案的藉口。在华尔街，司法部长诺克斯对“牛肉托拉斯"提出起诉的谣言四起，这一切使民众要汉纳竞选总统的呼声更盛。 亨利·亚当斯称心如意地写道：“西奥多已彻头彻尾地败下阵来，可怜、无望。用褒扬的话讲，他一向是我们所说的那种大笨蛋，他已成为一个令人讨厌的人……这样的话，一年内他的政府就要陷于停顿。” 然而，西奥多的内阁成员们看来并不很担心。4月24日，他们还邀请总统参加了庆贺海军部长约翰·D·朗卸任联谊会。朗本人在USS"海豚"号上接待各位来宾。罗斯福玩得很尽兴。 罗斯福兴致勃勃，他知道第57届国会行将完结，而他的政府开始走强，愈益罗斯福式。任命肖为财长、克莱·佩恩为邮政部长纯粹是一种政治任命。朗退役后，罗斯福任命48岁的扩张主义分子、马萨诸塞州众议员威廉·亨利·穆迪为海军部长，冀望依仗他使美国国旗继续飘扬在菲律宾上空。
埃利胡·卢特从古巴归来发现，市面上流传“反帝同盟”出版的一份对他进行恶毒人身攻击的小册子，题为“卢特部长履历：菲律宾战争之严酷惩罚，众人瞩目”。罗斯福认为，发动反击的时刻到了，遂召见亨利·卡伯特·洛奇，要他在参议院替卢特辩护。 5月5日，洛奇行动起来，参议院座无虚席。他先对一些美军士兵虐待、杀戮菲律宾游击战士之事"深表遗憾"，其行径不可饶恕，要绳之以法。但又反问道，"为什么会发生这一切呢？" 他开始列举菲律宾人对美军士兵犯下的暴行：有些美军战俘眼睛被刺破，耳朵被割去，肠子翻了出来；另一些人则被当作靶子练习。护理伤员的卫生员后背被刀刺伤。洛奇私下还说菲律宾人将一些俘虏阉割后，用睾丸堵住他们自己的嘴。洛奇拉长声音冷冷说道：“美国兵是受了刺激后才以牙还牙的。” 以后数天，亲政府声明、采访、编者按接二连三出现在共和党媒体上。人们也听到一些合情合理的声音——建议在卢特作进一步说明前，应让美军完成对史密斯将军正在进行中的调查。菲律宾文官政府议案开始步向审议通过程序。该议案保证要在菲律宾建立国会和独立的司法机构，并扩大一系列公民权利。参议院共和党议员几乎一致支持该议案。